War das eines dieser „Screensaver-Spiele“, die auf dem normalen Arbeitsbildschirm auf/zwischen den Fenstern stattfanden?
Falls ja, von denen gab es ja Unmengen in unterschiedlichster Ausprägung. 
davor fürchte ich mich auch gerade
Nein. Ist ein richtiges eigenständiges Spiel. Gab es auch für eine andere Plattform.
Metal Marines?
Metal Marines ist korrekt. Habe ich kaum gespielt, ist mir aber aufgrund seiner Besonderheit im Gedächtnis geblieben. Steuerung war wohl recht umständlich. Um den Gegner anzugreifen muss man rechts-klicken und dann öffnet sich ein Popup-Menü. Sehe gerade, das Spiel hat für Windows 3.x eine „Master Edition“ bekommen. Ebenfalls erschienen auf SNES.
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Das habe ich noch nie gehört 
Ja! Auf SNES, da habe ich das sogar paar Mal gespielt. Gott, ist das lang her …
Ebensowenig, aber eine Google Suche nach „Windows 3.1 Desktop Game with missiles“ führte zum Erfolg.
Ich mach dann mal weiter:
Castle of winds
Hab ich geliebt damals und viele Stunden drin versenkt
Ich hab es damals überhaupt nicht verstanden. Trotzdem ist es bei mir hängen geblieben, gab ja auch nicht so viele Spiele für Windows 3.1.
@Pandapapst kann ich verstehen, es schaut nach nix aus, hat mich aber irgendwie süchtig gemacht.
so weiter gehts
International Karate C64?
leider nicht, aber system ist richtig 
Ist es evtl. Defender of the Crown? 
Oder Blood and Guts vielleicht?
Beides leider nicht
Ich geb mal noch nen tip, es spielt im fernen Osten
Möbius oder Windwalker?